Die 16-jährige Bloom wohnt in der fiktiven Stadt Gardenia. Eines Tages begegnet sie der Fee Stella, die außerdem Prinzessin des Planeten Solaria und Besitzerin eines mächtigen Rings ist, und hilft ihr beim Kampf gegen einen Oger. Dabei stellt sie fest, dass sie selbst magische Kräfte besitzt. Stella nimmt sie mit auf die Feenschule Alfea, wo die Mädchen zusammen mit Musa, Tecna und Flora den „Winx-Club“ gründen. Bald bereiten ihnen die fiesen Schwestern Icy, Darcy und Stormy von der nahe gelegenen Hexenschule Wolkenturm Ärger; der Kampf gegen sie wird Mittelpunkt der ersten Staffel, als die Hexen schließlich sogar ihre Direktorin überlisten und die Herrschaft des Wolkenturms anstreben. Sie wollen auch Alfea übernehmen, ebenso die „Rote-Fontäne-Schule“, ein Jungen-Internat, das Spezialisten und Krieger ausbildet. Das ist umso leichter, als Darcy Riven verhext, einen Jungen der Roten Fontäne, der fortan für sie arbeitet. Als Riven seinen Fehler erkennt, ist es fast schon zu spät. Aber er kehrt dennoch nach Alfea zurück, das inzwischen zu einem Fluchtort für alle magischen Wesen des Planeten geworden ist. Dort sind auch Timmy, Brandon und Sky, Rivens frühere Freunde, die sich im Verlauf des Jahres in die Mädchen verliebt haben. Schließlich kommt es zum finalen Kampf der Winx gegen die „Trix“, den die Feen gewinnen. Die Trix werden in ein Rehabilitationszentrum auf einem anderen Planeten eingeliefert.
Nach den Ferien wartet ein neuer Gegner auf die Winx: Der schwarze Phönix alias Lord Darkar. Aber auch ein neues Mitglied stößt zum Winx-Club. Layla, die Prinzessin von Andros, ist von ihrem Heimatplaneten weggelaufen und versucht nun, ihre Freunde, die Elfen, zu befreien, die sich in der Gewalt von Lord Darkar befinden. Die Winx helfen ihr und bekommen jede eine Elfe zur Freundin. Neben Darkar, mit dem sich außerdem die flüchtigen Trix verbünden, haben sie außerdem jeder für sich mit Beziehungsproblemen zu kämpfen; auch Flora verliebt sich schließlich in Helia, einen neuen Spezialisten, der lieber Künstler werden will. Der Mittelpunkt der Handlung ist der Aufstieg in die nächste Verwandlungsstufe, das Charmix. Um ihr Charmix zu bekommen, müssen die Feen ihre größten Ängste überwinden. Mit ihren neuen Kräften können sie den Schwarzen Phönix besiegen.
Das Ziel des dritten Jahres ist die Verwandlung zur Enchantix Fee, eine Form, die den Feen beinahe uneingegrenzte Fähigkeiten verleiht. Die brauchen sie auch dringend, denn die Trix wurden in die finstere Omega-Galaxie verbannt, wo sie einen schwarzen Magier namens Valtor aus dem Eis befreien und mit ihm die Omega-Galaxie verlassen. Die Trix verknallen sich alle drei in Valtor, was viel Ärger unter den Schwestern stiftet, unter anderem, weil Valtor die Situation ausnutzt. Er verleiht den Trix neue Kräfte, damit sie Bloom zu ihm bringen. Bloom weiß, dass Valtor etwas mit ihrer Vergangenheit zu tun hat. Eine Fee, die in ihren Träumen erscheint, bringt sie auf den richtigen Weg: Die Fee ist ihre Schwester Daphne, die ihr Leben für Bloom aufopferte, als ihr Heimatplanet Domino von Valtor verwüstet wurde. Auch ihre Eltern, die König und Königin von Domino waren, starben dabei, doch Bloom hofft, die beiden in der Omega-Galaxie wiederfinden zu können. Layla wird von einem geheimnisvollen Unbekannten verfolgt, der ständig versucht, mit ihr zu flirten. Sie weist ihn zunächst aus Misstrauen zurück, aber letztendlich kommt es doch noch zu einer Beziehung. Als ihre Eltern sie nach Andros zurückholen wollen, um sie mit einem Fremden zu verheiraten, gibt ihr Freund sich ihr endlich zu erkennen: Er ist Nabu, der Mann, den Layla heiraten soll. Nach Absprache mit ihren Eltern wird beschlossen, dass sie vorerst noch nicht zu heiraten braucht, aber Nabu bleibt ihr Freund. Layla hat jede Menge Sorgen auf Andros, doch auch Stella muss um ihr geliebtes Solaria fürchten: Ihr Vater, der sich von Stellas Mutter geschieden hat, will sich neu vermählen - ausgerechnet mit der machthungrigen Cassandra, deren gemeine Tochter Chimära in Stellas Alter ist und nach deren Prinzessinenkrone strebt. Um ihr Ziel zu erreichen, Stellas Vater loszuwerden, verbünden sich die zwei mit Valtor. Aber Stella kann sie mit Hilfe der Winx vertreiben. Nacheinander erlangen die Winx alle ihr Enchantix, indem sie sich für jemanden aufopfern. Auch mit den Rote-Fontäne-Jungs gibt es wieder Stress, als Blooms Freund Prinz Sky von Valtor verhext wird und beschließt, seine frühere Verlobte, die hinterhältige und eitle Prinzessin Diaspro, doch noch zu heiraten. Blooms Weg zu ihrem Enchantix ist länger und schwieriger als die der anderen, aber sie schafft es, Valtor zu besiegen, als er gerade von den Trix im Stich gelassen wird.
Die Winx kehren als vielumjubelte Heldinnen und nun auch als Lehrerinnen nach Alfea zurück. Doch Direktorin Faragonda gibt ihnen bald einen neuen Auftrag: Sie sollen auf die Erde gehen, um vier finstere Hexer daran zu hindern, die letzte lebende Erdenfee zu vernichten: Roxy, die noch nichts von ihrem Schicksal weiß. Die Winx haben es schwer, sie von der Existenz von Feen zu überzeugen, erlangen dann aber durch sie neue Kraft: Das Believix. Auf der Erde eröffnen die Feen einen Kuscheltierladen, um unentdeckt unter Menschen leben zu können. Im Kampf gegen die Hexer finden sie heraus, dass die anderen Erdenfeen überlebt haben. Sie werden befreit und Roxy findet auch ihre Mutter. Aber die Feen sind auf Rache aus und stiften überall auf der Erde Chaos. Dabei werden sie von Layla begleitet, denn Nabu, mit dem sie sich verlobt hat, ist im Kampf gegen die Hexer gestorben. Nun setzt sie alles daran, ihn zu rächen. Aber die Winx können die Feen davon überzeugen, dass dieser Weg falsch ist. Nach dem Sieg über die Hexer beginnen die Erdenfeen ein friedliches Dasein.
